Die Kunigundenkirche ist ein kunstgeschichtlich interessantes und wertvolles Bauwerk. Vom Vorgängerbau, einer Ende des 12. Jh. gegründeten kurzen querhauslosen Pfeilerbasilika mit Chor, ist nur das Untergeschoß der Doppelturmfront erhalten. Der Mittelturm und die beiden Hauben der seitlichen Türme sind wie die Vorhalle Hinzufügungen nach dem großen Stadtbrand von 1681. Schiff und Chor der Spätgotischen Hallenkirche entstanden in zwei architektonisch scharf getrennten Bauabschnitten. Der 1417 begonnene Chor steht mit seiner reichen Bauplastik noch in der Nachfolge der Prager Parler-Bauten. Er ist in der spätgotischen Architektur Sachsens einmalig. Das architektonisch Besondere der dreischiffigen Halle besteht in der raumvereinheitlichenden Figuration der 1476 vollendeten Gewölbe, die keine trennenden Arkaden zwischen den Schiffen mehr kennen. Die für die Statik wichtigen Arkaden zwischen den Pfeilern sind trotzdem vorhanden, sie liegen unsichtbar im Dachraum.
Die Kunigundenkirche besitzt einen riesigen Hochaltar (1513) mit dreifachen Flügeln aus der Werkstatt des Freiberger Bildschnitzers Philipp Koch. Bemerkenswert sind ein weiterer Flügelaltar (um 1521) von einem Cranach-Schüler, Reste der kurz vor 1430 entstandenen Glasmalereien und zwei farbig glassierte Tonplastiken (um 1430), die ältesten keramischen Großplastiken in Sachsen.